在针对传染病医院(包括带有传染病房的综合医院)以及排入自然水体中的综合医院内污水的处理过程中，二级处理阶段中的工艺流程主要为“调节池 → 生物氧化 → 接触消毒”。具体的运行过程首先是将医院污水通过化粪池流入调节池中，在调节池的前部通常都设置有自动格栅用来拦截水中较大的杂物，在调节池内设置有污水提升水泵，污水在池中经提升后进入好氧池内进行生物处理，经过好氧池处理后的出水再进入接触池中经过消毒后出水达标即可排放。

在医院污水处理的过程中调节池、生化处理池、以及接触池的污泥及栅渣等在污水处理站内形成的垃圾必须要进行集中消毒外运焚烧等处置，消毒的方式可以采用巴氏蒸汽消毒或者在其中投加石灰等方法。同时需要注意传染病医院的污水和粪便好分别进行收集处理。生活污水可以直接进入预消毒池进行消毒处理后进入调节池进行后续处理，而病人的粪便应该先进行独立消毒以后，再通过下水道进入化粪池中处理或者是进行单独的处理。

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